乳腺增生病病变组织的大体标本为，病变呈弥漫性或局限性，质地硬韧而致密，色黄白或灰白，无包膜，切面可见有多个大小不等的半透明颗粒；如为囊性增生，则可见到小囊肿，囊壁大都平滑，囊内含有黄绿色或棕色的粘稠液体，有的还有颗粒状物或乳头状物向囊腔内突出。

乳腺增生病在病理上，一方面表现为乳腺导管的囊性扩张，形成大小不等的囊肿；另一方面表现为导管上皮有不同程度的乳头状增生，小叶内和小叶间纤维组织也有不同程度的增生。

由于乳腺增生病的组织形态复杂，所以其组织学分类方法也多种多样。如有学者依乳腺结构在数量和形态上的异常将其分为乳腺组织增生、乳腺腺病（又分为小叶增生期、纤维腺病期及纤维化期）、乳腺囊肿病三大类；也有的学者依乳腺增生的基本组织改变将其分为小叶增生、纤维化、炎性、囊肿、上皮增生、腺病6种类型。也正是由于其组织形态学上的复杂性，所以才造成了本病命名上的混乱性，如小叶增生症、慢性乳腺炎、纤维囊性乳腺病、良性上皮增生症、腺病等。

乳腺增生病按导管上皮增生的形态可将其分为四级：Ⅰ级：不伴有导管上皮增生，此级发生率为70%；Ⅱ级：伴有导管上皮增生，但上皮细胞不呈异型性，其发生率为20%；Ⅲa级：伴有导管上皮增生，上皮细胞呈轻度异型性，发生率为5%；Ⅲb级：伴有导管上皮增生，上皮细胞呈重度异型性，发生率为5%，此级恶变率最高，可能恶变率为75%～100%。